

Al 1621, un cop començada la Guerra dels Trenta Anys, Comenius va liderar cap a l’exili els membres de la comunitat protestant dels Germans de Moràvia, perseguits per les tropes espanyoles contrareformistes dels Habsburg. Magdalena i els seus dos fills van morir per la pesta i no els va tornar a veure mai més.
Comenius es va haver de refugiar a Polònia. Establert des del 1628 a Lezno, hi va dirigir l’escola de Secundària i es va fer càrrec de les esglésies bohèmies i moraves. Comenius es va tornar a casar per segona vegada.
Al 1638 i al 1641 respectivament, el Govern de Suècia i el Parlament d’Anglaterra el van fer cridar als seus països a fi de reformar-hi els sistemes educatius. L’any 1650 Comenius es va traslladar a Sárospatak, convidat pel príncep hongarès Sigismund Rakoczi. Durant quatre anys va exercir de professor del primer Col·legi Protestant Hongarès i va intentar posar en pràctica les seves idees pedagògiques.
Al 1655 Comenius va retornar a Polònia. En morir la seva segona esposa, es va casar per tercera vegada. Després que al 1656 els partisans polonesos cremessin casa seva, els seus manuscrits i la seva biblioteca per haver donat suport als protestants suecs, Comenius va haver de fugir de Lezno. Amb una pensió de vuit-cents florins, va ser acollit aleshores a Amsterdam, on va morir l’any 1670. Comenius és enterrat a la petita ciutat holandesa de Naarden.
Dues de les seves obres més importants són la Didàctica Magna, apareguda l’any 1679 i escrita en llatí, i la Porta oberta de les Llengües, escrita en txec. Els seus viatges per Europa (Alemanya, Polònia, Suècia, Anglaterra, Hongria, Holanda...) i la seva labor com a pedagog li van valer el títol de “Mestre de Nacions”.